Nach sämtlichen Arbeiten an Zahnriehmen und Co sollte man den Einspritzbeginn einstellen oder zumindest prüfen. Hier nur mal ein Beispiel zum verständnis vom 1.9er TDI (bei deinem Motor sieht es ein wenig anders aus)
http://community.dieselschrauber.de/viewtopic.php?t=3195
Mache das erst mal den das ist Grundvorraussetzung für einen gesunden Motorlauf.
Und NIEMALS die Zentralmutter von der Pumpe lösen!